हालांकि ऑपरेशन को सुरक्षित माना जाता है, कुछ जटिलताएं उत्पन्न हो सकती है क्योंकि वे किसी भी ऑपरेशन के साथ हो सकती हैं। 
निम्न जटिलताएं शामिल हैं, लेकिन यहीं तक सीमित नहीं हैं:
•    सामान्य एनेस्थीसिया के लिए प्रतिकूल प्रतिक्रिया
•    खून बहना
•    घेघा, तिल्ली, जिगर, पेट या आंतरिक अंगों में चोट
•    घाव, पेट, या रक्त के संक्रमण।
•    अन्य दुर्लभ जटिलताएं भी हो सकती है।
आपका सर्जन आप के साथ इन पर चर्चा करेगा। वह यह भी तय करने में मदद करेगा यदि लेप्रोस्कोपिक एंटी-रिफ्लक्स सर्जरी के जोखिम गैर-ऑपरेटिव प्रबंधन से कम हैं या नहीं।