ध्यानपूर्वक इंतजार। यदि आपको एक ओवायरियन सिस्ट है, तो आपको इंतजार करने और 1 से 3 महीने में दूसरी बार परीक्षा देने के लिए कहा जा सकता है। आपका डॉक्टर ओवायरियन सिस्ट के आकार में बदलाव की जाँच करेगा। सिस्ट के आकार पर निर्भर करता है कि चिकित्सक या तो लेप्रोस्कोपी (एक छोटी दूरबीन का उपयोग कर सिस्ट हटाने के लिए नाभिकीय क्षेत्र के पास एक छोटा सा चीरा) या लेप्रोटॉमी (सिस्ट हटाने के लिए पेट में एक बड़ा चीरा) कर सकता है।

उन महिलाओं के लिए एक सामान्य उपचार का विकल्प है:

• जो उनके प्रसूति वर्षों में हैं
• जिनमे कोई लक्षण नहीं है
• जिनमे तरल पदार्थ से भरी सिस्ट है। यह महिलाओं के लिए रजोनिवृत्ति के बाद एक विकल्प हो सकता है। 
सर्जरी: आपका डॉक्टर सिस्ट हटाना चाहेगा यदि आप रजोनिवृत्त हैं या वह:
• कई मासिक धर्म के बाद भी नहीं जाती 
• अल्ट्रासाउंड पर अजीब दिखाई दे रही है 
• दर्द का कारण बनती है 

ओवायरियन सिस्ट हटाने के दो मुख्य सर्जरी हैं:

• लैप्रोस्कोपी - यदि ओवायरियन सिस्ट छोटी है और अल्ट्रासाउंड पर सौम्य (कैंसरमुक्त) लग रही है। जब आप सामान्य एनेसथीसिया के प्रभाव में हैं, एक बहुत छोटा सा चीरा आपकी नाभि के ऊपर या नीचे किया जाता है। एक दूरबीन की तरह कार्य करने वाला एक छोटा सा उपकरण आपके पेट में डाला जाता है। तब आपका चिकित्सक सिस्ट निकाल सकता है।

• लैपरोटॉमी - यदि सिस्ट बड़ी है और कैंसर-कारक हो सकती है। जब आप सामान्य एनेसथीसिया के प्रभाव में हैं, सिस्ट को हटाने के लिए बड़े चीरे बनाये जाते हैं। तब सिस्ट का कैंसर के लिए परीक्षण किया जाता है। यदि वह कैंसर-कारक है, डॉक्टर को अंडाशय और गर्भाशय जैसे अन्य टिश्यू को बाहर निकलना पड़ सकता है। यदि केवल एक ही अंडाशय को निकाला गया हो, तो भी आपका शरीर उपजाऊ होता है और तब भी एस्ट्रोजन का उत्पादन कर सकता है। 

गर्भनिरोधक गोलियाँ: यदि आपमें कार्यात्मक ओवायरियन सिस्ट बनती रहती है, आपका चिकित्सक ओवुलेशन रोकने के लिए आपको गर्भनिरोधक गोलियां लिख सकते हैं। यदि आप ओवुलेट नहीं करते हैं, तो आपमें सिस्ट बनने की संभावना कम है। आप डेपो-प्रोवेरा® का उपयोग भी कर सकते हैं। यह एक हार्मोन है जो मांसपेशियों में इंजेक्ट किया जाता है। यह एक बार में 3 महीने के लिए ओवुलेशन रोकता है।