सर्जिकल चिकित्सा में मायोमेक्टोमी शामिल है, जिसमे पूरे गर्भाशय के स्थान पर सिर्फ फाइब्रॉएड को हटाया जाता है। यह प्रक्रिया एक महिला अपने गर्भाशय को रखने के लिए एवं भविष्य में संभावित उर्वरता बनाए रखने की अनुमति देता है। इस विधि में दृष्टिकोण हिस्ट्रोस्कोपिक हो सकता है, जिसमे गर्भाशय में योनि के माध्यम से एक कैमरा और उपकरणों को सबम्यूकोसल फाइब्रॉएड री-सेक्शन को मार्ग दिखने के लिए लगाया जाता है, या लेप्रोस्कोपिक हो सकता है, जो फाइब्रॉएड (ओं) को हटाने की सहायता करने के लिए उदर गुहा के भीतर सीधे एक छोटे से कैमरे का उपयोग किया जाता है। ज्यादातर एक खुली प्रक्रिया, या लेप्रोटोमी का पेट में एक चीरे के माध्यम से फाइब्रॉएड निकालने के लिए प्रयोग किया जाता है।

एंडोमेट्रियल एब्लेशन एक नई तकनीक है जिसे हाल ही में अनियमित रक्तस्राव से पीड़ित फाइब्रॉएड के साथ महिलाओं के इलाज के लिए अनुमोदित किया गया है। इस न्यूनतम इनवेसिव आउट पेशेंट उपचार है, जिसमे एंडोमेट्रियल अस्तर को माइक्रोवेव के साथ पांच मिनट से भी कम समय में नष्ट किया जाता है। प्रारम्भिक डेटा रिपोर्ट के अनुसार 90% रोगियों में अधिक रक्तस्त्राव में सुधार हुआ है।

एक और सर्जिकल विकल्प हिस्ट्रेकटोमी है, जिसमें गर्भाशय फाइब्रॉएड के साथ हटा दिया जाता है। जबकि हिस्ट्रेक्टोमी फाइब्रॉएड के लिए ही उपचार माना जाता है, यह एक महिला के गर्भवती होने की क्षमता को समाप्त कर देता है। हिस्ट्रेक्टोमी को या तो योनि या पेट के दृष्टिकोण से किया जा सकता है, और एक कैमरे की सहायता से लेप्रोस्कोपिक सहायता से योनि हिस्ट्रेक्टोमी (LAVH) किया जा सकता है।