बांझपन के साथ लगभग 40% महिलाओं को एन्दोमीत्रिओसिस होता है। एन्दोमीत्रिओसिस से सूजन के कारण शुक्राणु या अंडे को नुकसान पहुँच सकता है या फैलोपियन ट्यूब और गर्भाशय के माध्यम से उनके संचालन में हस्तक्षेप हो सकता है। एन्दोमीत्रिओसिस के गंभीर मामलों में फैलोपियन ट्यूब को अधेशन या निशान टिश्यू द्वारा अवरुद्ध किया जा सकता है।