एन्दोमीत्रिओसिस के सबसे सामान्य लक्षण क्रोनिक (दीर्घावधि) पैल्विक दर्द है, विशेष रूप से माहवारी के पहले एवं दौरान। दर्द सेक्स के दौरान भी हो सकता है। अगर एन्दोमीत्रिओसिस आंत्र पर मौजूद है, तो मल त्याग के दौरान दर्द हो सकता है। यदि यह मूत्राशय को प्रभावित करता है, तो पेशाब के दौरान दर्द महसूस किया जा सकता है। माहवारी में भारी रक्तस्राव भी एन्दोमीत्रिओसिस का एक लक्षण है। एन्दोमीत्रिओसिस के साथ कई महिलाओं में कोई लक्षण नहीं मिलते।