सर्जरी दर्द से छुटकारा पाने और प्रजनन क्षमता में सुधार करने के लिए की जा सकती है। सर्जरी के दौरान एन्दोमीत्रिओसिस प्रत्यारोपण को हटाया जा सकता है।