दर्द यदि गंभीर है और इलाज के बाद भी दूर नहीं जा रहा है, तो हिस्ट्रेक्टोमी एक 'अंतिम उपाय' का विकल्प हो सकता है। एन्दोमीत्रिओसिस की अंडाशय हटा दिए जाने के बाद वापस आने की संभावना बहुत कम है। यदि आप अपने अंडाशय रखते हैं, एन्दोमीत्रिओसिस के वापस आने की सम्भावना कम है यदि एन्दोमीत्रिओसिस प्रत्यारोपण हिस्ट्रेक्टोमी के समय ही हटा दिए जाएं।

गर्भाशय और अंडाशय को हटा दिए जाने के बाद भी दर्द के लौटने की बहुत कम सम्भावना है। ऐसा तब हो सकता है जब एन्दोमीत्रिओसिस सर्जरी के समय में हटाया नहीं गया या दिखाई नहीं दिया।