न्यूनतम इनवेसिव कोलन और रेक्टल सर्जरी तकनीकों को मानक सर्जिकल प्रक्रियाओं के रूप में स्वीकार किया जाता है और "प्रायोगिक" नहीं माना जाता है। फिर भी हर शल्य प्रक्रिया में, चाहे न्यूनतम इनवेसिव हो या पारंपरिक, जटिलताओं के कुछ जोखिम रहते हैं। खुली और न्यूनतम इनवेसिव कोलन और रेक्टल सर्जरी दोनों के लिए सामान जोखिम रक्तस्त्राव, संक्रमण, पोस्ट ऑपरेटिव आंत्र रुकावट और आंत्र एनेसटोमोसिस (री-कनेक्शन) से रिसाव हैं। अन्य जोखिम, जैसे हृदय की समस्याऐं, निमोनिया और खून के थक्कों का जमना किसी भी प्रमुख पेट की सर्जरी के साथ मौजूद होते हैं जिसमें सामान्य एनेसथीसिया की आवश्यकता होती है।

न्यूनतम इनवेसिव सर्जरी का दुनिया भर के कई क्लिनिकल परीक्षणों में अच्छी तरह से अध्ययन किया गया है और सामान्यतः, इसमें जटिलताओं का खतरा पारंपरिक खुली सर्जरी के के समान पाया गया है। कभी कभी, एक सर्जन को ऐसी स्थितियों का सामना करना पड़ता है जिससे न्यूनतम इनवेसिव सर्जरी को जारी रखना असुरक्षित हो जाता है। इस स्थिति में पारंपरिक सर्जरी तकनीक का इस्तेमाल कर ऑपरेशन को पूर्ण करने के लिए चीरे को बड़ा किया जाता है। इसे पारंपरिक सर्जरी में "रूपांतरण" के रूप में जाना जाता है और इसे एक जटिलता के बजाय एक अच्छे सर्जिकल फैसले के तौर पर माना जाना चाहिए। यह महत्वपूर्ण है कि आप और आपके सर्जन आपकी विशिष्ट स्थिति और उससे सम्बंधित जरुरी ऑपरेशन से जुड़े जोखिम के बारे में आपके निजी स्वास्थ्य के इतिहास के संदर्भ में चर्चा करें।