पथरी का दर्द अक्सर कांटेदार चुभन वाला और अत्यंत गंभीर होता है। महिलाऐं आमतौर पर कहती हैं कि यह बच्चे के जन्म से भी ज़्यादा दर्दनाक होता है। दर्द पीठ के ऊपरी हिस्से (पार्श्व) में शुरू हो सकता है और फिर पेट और कमर की ओर पलायन कर सकता है। अवस्था को बदलने से दर्द से छुटकारे में मदद नहीं मिलती। गुर्दे की पथरी का दर्द मुख्य रूप से "मूत्रवाहिनी" से नीचे आने वाली छोटी ट्यूब की रूकावट के कारण होता है जो गुर्दे को मूत्राशय से जोड़ती है।
ऐसा माना जाता है कि बढ़ा हुआ दबाव गुर्दे और मूत्रवाहिनी में खिंचाव पैदा करता है जिसके कारण दर्द होता है। यही कारण है कि पथरी का दर्द लहरों में आता जाता है जब निकासी ट्यूब समय समय पर पथरी के निकलने से अवरुद्ध होती है।

जैसे जैसे पथरी ट्यूब के रास्ते नीचे जाती है, दर्द का अनुभव भी नीचे चलता रहता है। पथरी के दौरान आम अन्य लक्षणों में मूत्र में खून , उबकाई और उल्टी, और पेशाब करने के लिए तीव्र इच्छा महसूस होना शामिल हैं। एक बार जब पथरी निकल जाती है और मूत्रवाहिनी ट्यूब से बाहर निकालकर मूत्राशय में चली जाती है, अधिकांश रोगियों को अवरुद्ध और दबाव के निकलने से तत्काल राहत की अनुभूति होती है। हालांकि, पथरी को निकलने के लिए एक सप्ताह से लेकर कई दिन लग सकते हैं।