हालांकि ऑपरेशन सुरक्षित माना जाता है, फिर भी वे जटिलताएं उत्पन्न हो सकती है जो किसी भी बड़े ऑपरेशन के साथ मुमकिन है। लेप्रोस्कोपिक मोटापा प्रक्रियाओं में से किसी में भी तत्काल ऑपरेटिव मृत्यु दर सूचित मामलों की श्रृंखला  में अपेक्षाकृत कम (2% से कम) है। दूसरी ओर, घाव में संक्रमण, घाव टूटने, फोड़ा, प्रधान-लाइन टूटने से लीक, आंत्र के छिद्र, आंत्र बाधा, सीमांत अल्सर, फेफड़ों की समस्याओं और पैरों में रक्त के थक्के के जैसी जटिलताओं में 10% या अधिक हो सकती है। पोस्ट ऑपरेटिव अवधि में अन्य समस्याओं के उत्पन्न होने से अतिरिक्त शल्य चिकित्सा की आवश्यकता हो सकती है। इन समस्याओं में पाउच फैलने, लगातार उल्टी, जलन या वजन कम करने में विफलता शामिल हैं। किसी दुर्लभ व्यक्ति में, सर्जरी की जटिलता के कारण उलटी कार्रवाई आवश्यक होती है। माध्यमिक सर्जरी के साथ जटिलता दर पहले ऑपरेशन के बाद की तुलना में अधिक होती है।

पित्त पथरी मोटापे से ग्रस्त रोगी में आम हैं। इन पित्त पथरी से लक्षण वजन घटाने के साथ एक आम होते हैं। कई चिकित्सक या तो पित्त को कम करने की दवा (Actigall या URSO) के साथ रोगियों का इलाज करते हैं या ऑपरेशन के समय में पित्ताशय की थैली हटाने का सुझाव देते हैं। इसके बारे में आपके सर्जन और चिकित्सक के साथ चर्चा की जानी चाहिए।

गैस्ट्रिक बाईपास के बाद विटामिन बी -12, फोलेट, और लौह जैसे पोषक तत्वों में कमी हो सकती है। आवश्यक विटामिन और पोषक तत्वों की खुराक लेने से आम तौर पर उन्हें रोका जा सकता है। गैस्ट्रिक बाईपास का एक अन्य संभावित परिणाम "डंपिंग सिंड्रोम" है। पेट में दर्द, ऐंठन, पसीना, दस्त और पेय और खाद्य पदार्थ अत्यधिक मीठा खाने के बाद सिंड्रोम डंपिंग की विशेषताएँ हैं। अत्यधिक मीठे खाद्य पदार्थों का सेवन से बचने से इन लक्षणों को रोका जा सकता है। मालएब्सोर्पटिव ऑपरेशन के बाद, वही पोषक तत्वों की कमी हो सकती है जो गैस्ट्रिक बाईपास के बाद होती है, साथ ही प्रोटीन की कमी भी हो सकती है। वसा सेवन के आधार पर मालएब्सोर्पशन आपरेशन के बाद दस्त भी आम हैं।